Der dritte Sohn des Berliner Buchdruckers Artur Scholem und seiner Frau Betty, geb. Hirsch, war früh politisch aktiv, musste aufgrund seiner Aufsässigkeit mehrfach die Schule wechseln und besuchte um 1910 auch die Samsonschule in Wolfenbüttel.

Dem Sozialismus wie dem Zionismus zugewandt, schloss sich der 17-jährige Werner Scholem 1912 der „Sozialistischen Arbeiter-Jugend“ an. Während des Ersten Weltkrieges trat er 1917 der USPD bei. Die Novemberrevolution 1918 bestärkte den Sympathisanten des Kommunismus in seinem Glauben, dass mit einer Revolution in Deutschland auch der Antisemitismus – der ihn in seiner Jugend zum Zionisten werden ließ – zu überwinden sei.

Mit der Spaltung der USPD wechselte Scholem 1921 in die KPD, die ihn im selben Jahr als Abgeordneten in den Preußischen Landtag entsandte. In den Jahren 1924 bis 1928 gehörte er dem Deutschen Reichstag an und war bis 1925 die zweitwichtigste Führungsfigur der KPD. Er fiel jedoch in Ungnade, als er sich gegen die Unterdrückung der linken Opposition in der Sowjetunion aussprach, was schließlich 1926 zu Scholems Parteiausschluss führte. 

Unmittelbar nach Machtübernahme der NSDAP wurde Werner Scholem im Zuge des Reichstagsbrandes verhaftet und saß bis 1937 zunächst in Berlin-Moabit im Gefängnis. Mit einer Zwischeninternierung in Dachau wurde Scholem im September 1938 in das KZ Buchenwald überführt, wo er am 17. Juli 1940 ermordet wurde.